{"id":25962,"date":"2021-05-21T09:18:10","date_gmt":"2021-05-21T12:18:10","guid":{"rendered":"https:\/\/www.infobioquimica.com\/new\/?p=25962"},"modified":"2021-05-21T09:20:10","modified_gmt":"2021-05-21T12:20:10","slug":"los-cientificos-que-rastrean-las-variantes-del-sars-cov-2-luchan-con-los-puntos-ciegos-globales","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.infobioquimica.com\/new\/2021\/05\/21\/los-cientificos-que-rastrean-las-variantes-del-sars-cov-2-luchan-con-los-puntos-ciegos-globales\/","title":{"rendered":"Los cient\u00edficos que rastrean las variantes del SARS-CoV-2 luchan con los puntos ciegos globales"},"content":{"rendered":"

El mes pasado, Gytis Dudas estaba rastreando una nueva variante de preocupaci\u00f3n del SARS-CoV-2 que hab\u00eda desencadenado un brote de COVID-19 en su Lituania natal y apareci\u00f3 espor\u00e1dicamente en otras partes de Europa y Estados Unidos. Al explorar una base de datos internacional de genomas de coronavirus, Dudas encontr\u00f3 una pista crucial: una muestra de la nueva variante provino de una persona que hab\u00eda volado recientemente a Francia desde Camer\u00fan. Un colaborador, Guy Baele de KU Leuven, pronto identific\u00f3 seis secuencias m\u00e1s de personas en Europa que hab\u00edan viajado a Camer\u00fan. Pero luego su b\u00fasqueda para identificar los or\u00edgenes de la variante choc\u00f3 contra una pared: Camer\u00fan hab\u00eda subido un total de solo 48 genomas al repositorio de secuencias global, llamado GISAID1<\/sup>. Ninguno incluy\u00f3 la variante.<\/p>

Con un trabajo de campo tenaz, Baele y Dudas, bi\u00f3logo evolutivo del Centro de Biodiversidad Global de G\u00f6teborg, se enteraron de que otro equipo hab\u00eda recopilado secuencias a\u00fan no publicadas de un brote de COVID-19 en un centro de investigaci\u00f3n de grandes simios en la Rep\u00fablica Centroafricana, cerca de la frontera con Camer\u00fan. Seis personas portaban la nueva variante.<\/p>

Baele, Dudas y sus colegas reconstruyeron el \u00e1rbol evolutivo y la distribuci\u00f3n geogr\u00e1fica de la nueva variante, y concluyeron<\/a> que probablemente surgi\u00f3 en Camer\u00fan. Se\u00f1alan que la variante lleva una serie de mutaciones observadas en otras \u201cvariantes de preocupaci\u00f3n\u201d que son m\u00e1s infecciosas o peligrosas.<\/p>

\u201cParec\u00eda la situaci\u00f3n t\u00edpica que deber\u00eda hacer sonar todas las alarmas\u201d, dijo Sebastien Calvignac-Spencer, un bi\u00f3logo evolutivo del Instituto \u2018Robert Koch\u2019 cuyo equipo secuenci\u00f3 las muestras de la estaci\u00f3n de simios. Pero Camer\u00fan y los pa\u00edses vecinos, donde el equipo infiri\u00f3 que la variante ya podr\u00eda ser frecuente, no la detectaron.<\/p>

Los investigadores dicen que la historia de esta variante, designada B.1.620, contiene una advertencia para el mundo: \u201cEl esfuerzo de secuenciaci\u00f3n en Camer\u00fan y otros pa\u00edses africanos no es suficiente\u201d, dice el coautor Ahidjo Ayouba, bi\u00f3logo del Instituto Nacional Franc\u00e9s de Investigaci\u00f3n para el Desarrollo Sostenible, de la Universidad de Montpellier. Viajar\u00e1 a su Camer\u00fan natal el pr\u00f3ximo mes para configurar el primer secuenciador de pr\u00f3xima generaci\u00f3n del pa\u00eds. La aparici\u00f3n de nuevas variantes con mutaciones delet\u00e9reas en pa\u00edses sin secuenciaci\u00f3n regular \u201cpuede convertirse en una norma alarmante\u201d, advirtieron los investigadores.<\/p>

No es solo \u00c1frica. De los 152 pa\u00edses para los que se dispon\u00eda de datos al 10 de mayo, 100 hab\u00edan subido datos de secuencia de menos de 1% de los casos notificados a la GISAID. Entre ellos, 51 pa\u00edses, incluidas naciones grandes como India, Indonesia, Rusia y Brasil, hab\u00edan subido secuencias para menos de 0,1% de los casos. Diez naciones ricas representaron 82% de las m\u00e1s de 1,4 millones de secuencias en la base de datos de la GISAID. \u201cEstamos trabajando para cambiar eso\u201d, dijo Frank Konings, l\u00edder del Grupo de Trabajo de Evoluci\u00f3n del Virus de la Organizaci\u00f3n Mundial de la Salud (OMS).<\/p>

La mayor\u00eda de los pa\u00edses con escasa secuenciaci\u00f3n tambi\u00e9n tienen actualmente poco o ning\u00fan acceso a las vacunas, y algunos sufren brotes importantes. A medida que el virus se replica sin control, esas regiones pueden convertirse en caldo de cultivo para nuevas mutaciones, que luego pueden extenderse por todo el mundo. India, por ejemplo, se enfrenta al aumento de casos m\u00e1s grande del mundo. El 11 de mayo, la OMS etiquet\u00f3 la nueva variante B.1.617, que surgi\u00f3 en India y se ha extendido a decenas de pa\u00edses, como variante de preocupaci\u00f3n. \u201cDonde la pandemia no est\u00e1 actualmente controlada es donde se puede esperar que las variantes est\u00e9n aumentando\u201d, dijo Dudas. \u201cSer\u00eda mucho m\u00e1s interesante secuenciar los \u00faltimos 1.000 casos en la Rep\u00fablica Centroafricana que los pr\u00f3ximos 100.000 casos en Alemania\u201d.<\/p>

A nivel mundial, los obst\u00e1culos para la vigilancia sistem\u00e1tica son abrumadores. Los secuenciadores de \u00faltima generaci\u00f3n cuestan 335.000 d\u00f3lares y los cient\u00edficos locales deben estar capacitados para usarlos. Muchas \u00e1reas carecen de las carreteras y la refrigeraci\u00f3n necesarias para transportar r\u00e1pidamente las muestras. En India, \u201cel problema es el muestreo: alguien tiene que recolectar y enviar las muestras y proporcionar los datos cl\u00ednicos. Eso toma su tiempo\u201d, dijo Anurag Agrawal, director del Instituto de Gen\u00f3mica y Biolog\u00eda Integrativa del Consejo de Investigaciones Cient\u00edficas e Industriales en New Delhi. Y es necesario importar continuamente los costosos reactivos de secuenciaci\u00f3n.<\/p>

\u201cPedimos reactivos de una empresa estadounidense en noviembre de 2020. \u00a1Y reci\u00e9n est\u00e1n llegando ahora!\u201d, dijo Senjuti Saha, microbi\u00f3logo de la Fundaci\u00f3n para la Investigaci\u00f3n de la Salud Infantil en Dhaka, Bangladesh. \u201cEsto no es una excepci\u00f3n: es la regla\u201d.<\/p>

No obstante, Saha estaba satisfecho con un esfuerzo de m\u00faltiples laboratorios que le ha permitido al pa\u00eds ampliar la secuenciaci\u00f3n a 0,2% de los 777.000 casos identificados. \u201cNo creo que ese n\u00famero sea muy bueno\u201d, dijo. \u201cPero antes era cero. Y nunca antes hab\u00edamos hecho esto\u201d.<\/p>

El esfuerzo ya est\u00e1 dando sus frutos: recientemente, el 8 de mayo, se descubri\u00f3 que dos pacientes de Bangladesh que hab\u00edan regresado recientemente de India portaban la variante B.1.617. Dos d\u00edas despu\u00e9s, tras una larga reuni\u00f3n con cient\u00edficos, los funcionarios de Bangladesh endurecieron la cuarentena en la frontera.<\/p>

Otros pa\u00edses enfrentan desaf\u00edos geogr\u00e1ficos. En diciembre de 2020, cient\u00edficos brasile\u00f1os identificaron la P.1<\/a>, ahora una un variante de preocupaci\u00f3n a nivel mundial<\/a>, durante brote masivo en Manaus<\/a>, la capital del estado de Amazonas. Pero la cobertura de secuenciaci\u00f3n es pobre en lugares como el vecino estado de Acre, en la selva tropical, y en el noreste de Brasil, dice Ana Vasconcelos, bi\u00f3loga computacional del Laboratorio Nacional de Computaci\u00f3n Cient\u00edfica en Petr\u00f3polis, Brasil. Ella dice que solo se han cargado 25 genomas desde Acre. Ella reclut\u00f3 a colegas all\u00ed para que proporcionaran 100 muestras, luego descubri\u00f3 que no hab\u00eda hielo seco, necesario para el transporte. Finalmente recibi\u00f3 las muestras el 13 de mayo, con la ayuda de una organizaci\u00f3n no gubernamental francesa, la Fundaci\u00f3n M\u00e9rieux.<\/p>

Algunos expertos han sugerido que las naciones tengan como objetivo secuenciar el virus de 5% de los casos, pero otros dicen que esos objetivos est\u00e1n equivocados. \u201cEl mundo se est\u00e1 obsesionando demasiado con los n\u00fameros\u201d, dijo Tulio de Oliveira, bi\u00f3logo computacional y director de KRISP, la Plataforma de Secuenciaci\u00f3n de Investigaci\u00f3n e Innovaci\u00f3n de KwaZulu-Natal en la Universidad de KwaZulu-Natal, Durban. Por ejemplo, \u00e9l y sus colegas sudafricanos identificaron la variante de preocupaci\u00f3n <\/a>que se origin\u00f3 en Sud\u00e1frica poco despu\u00e9s de que surgiera, al muestrear estrat\u00e9gicamente las regiones que luchan contra los brotes en lugar de aumentar el muestreo de manera uniforme en todo el pa\u00eds.<\/p>

De Oliveira y un gran equipo de otros cient\u00edficos africanos ahora han convertido los escasos datos de secuencia en \u00c1frica en un panorama general de c\u00f3mo ha evolucionado el virus dentro del continente. En un reciente trabajo<\/a>, basado en casi 9.000 secuencias recopiladas en 33 pa\u00edses africanos, encontraron que el SARS-CoV-2 probablemente lleg\u00f3 a varios pa\u00edses africanos con viajeros, principalmente de Europa. Las restricciones de viaje inicialmente mantuvieron el conteo de casos bajo control. Pero luego, el virus evolucion\u00f3 en varias variantes de preocupaci\u00f3n. \u201cAunque distorsionados por el bajo n\u00famero de muestras y los puntos ciegos, los hallazgos destacan que \u00c1frica no debe quedarse atr\u00e1s en la respuesta a la pandemia mundial, de lo contrario podr\u00eda convertirse en un caldo de cultivo para nuevas variantes\u201d, escribieron los autores.<\/p>

Eso es cierto en todo el mundo, dijo Calvignac-Spener. \u201cRealmente no es posible que sigamos siendo tan ego\u00edstas con la vigilancia gen\u00f3mica, con las vacunas\u201d, dice. \u201cNo es entender nuestros mejores intereses\u201d.<\/p>

Referencias:<\/strong><\/p>

  1. Iniciativa Global para Compartir Todos los Datos sobre Influenza (GISAID).<\/li><\/ol>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

    El mes pasado, Gytis Dudas estaba rastreando una nueva variante de preocupaci\u00f3n del SARS-CoV-2 que hab\u00eda desencadenado un brote de COVID-19 en su Lituania natal y apareci\u00f3 espor\u00e1dicamente en otras partes de Europa y Estados Unidos. Al explorar una base de datos internacional de genomas de coronavirus, Dudas encontr\u00f3 una pista crucial: una muestra de […]<\/p>\n","protected":false},"author":2620,"featured_media":25968,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"twitterCardType":"","cardImageID":0,"cardImage":"","cardTitle":"","cardDesc":"","cardImageAlt":"","cardPlayer":"","cardPlayerWidth":0,"cardPlayerHeight":0,"cardPlayerStream":"","cardPlayerCodec":"","footnotes":""},"categories":[30,26],"tags":[],"class_list":["post-25962","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-noticias","category-noticias-bioquimicas"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.infobioquimica.com\/new\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/25962","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.infobioquimica.com\/new\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.infobioquimica.com\/new\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.infobioquimica.com\/new\/wp-json\/wp\/v2\/users\/2620"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.infobioquimica.com\/new\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=25962"}],"version-history":[{"count":3,"href":"https:\/\/www.infobioquimica.com\/new\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/25962\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":25965,"href":"https:\/\/www.infobioquimica.com\/new\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/25962\/revisions\/25965"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.infobioquimica.com\/new\/wp-json\/wp\/v2\/media\/25968"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.infobioquimica.com\/new\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=25962"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.infobioquimica.com\/new\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=25962"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.infobioquimica.com\/new\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=25962"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}