Se us\u00f3 un secuenciador port\u00e1til del ADN con nanoporos para identificar y diferenciar con exactitud los virus presentes en las muestras de sangre de pacientes, con un tiempo de respuesta sin precedentes de menos de seis horas, desde el recibo de la muestra hasta la entrega del resultado.<\/p>\n
El secuenciador con nanoporos MinION de Oxford Nanopore Technologies (Oxford, Reino Unido), determina r\u00e1pidamente la secuencia del ADN de una muestra, a trav\u00e9s de la aplicaci\u00f3n de una tecnolog\u00eda de nanoporos de prote\u00ednas. El m\u00e9todo se basa en un canal de prote\u00ednas, de s\u00f3lo unos pocos nan\u00f3metros de di\u00e1metro, a trav\u00e9s del cual solo puede pasar una hebra del ADN. A medida que esa cadena del ADN pasa a trav\u00e9s de los nanoporos, genera una serie de firmas el\u00e9ctricas caracter\u00edsticas, con las cuales se puede identificar cada una de las bases de nucle\u00f3tidos y determinar as\u00ed la secuencia de cada hebra. El instrumento es alimentado con energ\u00eda y operado mediante un computador port\u00e1til, a trav\u00e9s de una conexi\u00f3n USB.<\/p>\n
Investigadores de la Universidad de California en San Francisco (EUA) utilizaron un instrumento MinION para analizar las muestras de sangre de cuatro pacientes con el fin de detectar el virus del Chikungunya (CHIKV), el virus del \u00c9bola (EBOV) y el virus de la hepatitis C (VHC).<\/p>\n
Se inform\u00f3 que a altas concentraciones, en el rango entre 107 y 108 copias por mililitro, se detectaron lecturas para EBOV de dos pacientes con fiebre hemorr\u00e1gica aguda y para CHIKV de un donante asintom\u00e1tico de sangre, en un lapso de 4 a 10 minutos luego de la adquisici\u00f3n de la informaci\u00f3n, mientras que ante t\u00edtulos m\u00e1s bajos del virus VHC (1×105 copias por mililitro) se logr\u00f3 la detecci\u00f3n en 40 minutos. Se obtuvo una confirmaci\u00f3n de esos resultados mediante la secuenciaci\u00f3n con un instrumento MiSeq de Illumina Inc. (San Diego, CA, EUA).<\/p>\n
La secuenciaci\u00f3n con nanoporos es una tecnolog\u00eda de secuenciaci\u00f3n de tercera generaci\u00f3n que tiene dos ventajas clave frente a las tecnolog\u00edas de segunda generaci\u00f3n: las lecturas son m\u00e1s extensas y se puede realizar el an\u00e1lisis de la secuencia en tiempo real. A mediados de 2015, el secuenciador con nanoporos MinION fue capaz de producir al menos 100.000 secuencias con una longitud media de lectura de cinco kilobases, con una producci\u00f3n total de hasta un gigabase de secuencia en 24 horas, en una celda de flujo.<\/p>\n
En el estudio actual, los investigadores presentaron el uso esa secuenciaci\u00f3n con nanoporos con el fin de lograr la detecci\u00f3n metagen\u00f3mica de esos pat\u00f3genos virales, a partir de muestras cl\u00ednicas con un tiempo de respuesta de menos de seis horas, desde el recibo de la muestra hasta la entrega de los resultados. Tambi\u00e9n introdujeron el MetaPORE, una herramienta basada en la web para la visualizaci\u00f3n y el an\u00e1lisis de la secuencia en tiempo real, que permite la identificaci\u00f3n de los pat\u00f3genos a partir de la informaci\u00f3n de los nanoporos.<\/p>\n
\u201cHasta donde sabemos, esta es la primera vez que la secuenciaci\u00f3n con nanoporos ha sido utilizada para la detecci\u00f3n metagen\u00f3mica en tiempo real de los pat\u00f3genos presentes en muestras cl\u00ednicas complejas, en el \u00e1mbito de las infecciones humanas\u201d, dijo el autor principal, el Dr. Charles Y Chiu, profesor asociado de medicina de laboratorio de la Universidad de California en San Francisco. \u201cLas pruebas sin sesgo, que permiten detectar los pat\u00f3genos en el punto de atenci\u00f3n, con una secuenciaci\u00f3n metagen\u00f3mica r\u00e1pida, tienen el potencial de transformar radicalmente el diagn\u00f3stico de las enfermedades infecciosas en los \u00e1mbitos, tanto cl\u00ednicos como de salud p\u00fablica. Esta tecnolog\u00eda gen\u00f3mica para el punto de atenci\u00f3n ser\u00e1 particularmente atractiva para los pa\u00edses en desarrollo, donde a menudo son muy escasos los recursos cr\u00edticos, como la energ\u00eda el\u00e9ctrica confiable, el espacio del laboratorio y la capacidad del servidor de sistemas.<\/p>\n